上海市中医药学会成立于1952年，是由中医药科技和管理工作者自愿组成的学术性的非营利性社会团体。历任会长有著名中医学家陆渊雷、首届国医大师张镜人、上海中医药大学原校长程门雪、黄文东、王玉润、施杞、严世芸、谢建群，现任会长为上海中医药大学副校长胡鸿毅。同时，中科院院士沈自尹教授、国医大师裘沛然教授、颜德馨教授、石仰山教授、朱南孙教授、刘嘉湘教授、全国名中医蔡淦教授等也曾在学会担任常务理事等职务，均为学会的终身顾问。

学会现有个人会员8400余人，单位会员30余个，下设内科、外科、妇科、儿科等64个专业分会。

学会的主要业务范围包括开展国内外学术研究和学术交流、出版刊物、开展继续医学教育项目和服务咨询、向有关部门举荐科技人才、评选上海中医药科技奖、促进科技成果的转化推广以及承接上海中医住院医师规范化培训、开展第三方科技评价等政府转移职能。

学会设立上海中医药科技奖，每年评选一次，以奖励本市在中医药科学技术进步活动中做出突出贡献的组织或个人，深受社会各界的好评，在上海及全国有很大的影响力。学会主办的《上海中医药报》是全国唯一一家由学会主办、在全国发行、面向大众、普及中医药文化与养生保健知识的科普类报纸。核心期刊《上海中医药杂志》创刊60余年，以倡导新思路、新导向、新内容成为了广大读者和科技工作者“开卷有益、拓展思路”的挚友。学会举办的上海中医药国际论坛、海派中医流派建设等学术活动均为学会的重要品牌项目，已成为了上海中医药对外交流的窗口，促进了上海中医药事业的发展。